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新型隱球菌(C. neoformans)是一種廣泛存在于環境中的人類致病性真菌,可導致隱球菌性肺炎和致命的隱球菌性腦膜炎,每年造成約18.11萬人死亡。傳統的研究為了解新型隱球菌的感染后的宿主反應提供了有價值的信息,但主要集中在mRNA水平,對蛋白質組和蛋白質翻譯后修飾在宿主中的作用依然知之甚少。蛋白賴氨酸乙?;?Kac)是一種保守的翻譯后修飾,是許多人類疾病和生命發育的關鍵因素,包括神經退行性疾病、神經系統發育、肺纖維化等。2019年5月,東北大學丁辰教授團隊在國際專業學術期刊Communications Biology發表研究成果,揭示乙?;揎椩谌祟愓婢≡w毒力中的重要作用(查看詳細解讀:東北大學丁辰團隊揭示乙?;揎椩谌祟愓婢≡w毒力中的關鍵作用)【1】。近日,丁辰教授團隊在學術期刊Frontiers In Microbiology發表了最新研究成果,通過整合蛋白質組、乙?;揎椊M學、轉錄組學分析確定了小鼠在感染新型隱球菌后的反應。研究揭示了乙?;揎棇τ谡婢秩竞笏拗黧w內代謝/免疫等過程的重要調控作用,更展示出了器官特異性的精準調節模式,為感染性疾病提供了一個基本的宿主蛋白翻譯后修飾數據庫,同時為破譯各種器官的免疫應答調控提供了新的思路。景杰生物為該研究的蛋白質組學、修飾組學定量提供了技術支持。01宿主對新型隱球菌感染反應的綜合分析新型隱球菌能夠通過呼吸道侵入人體肺部...
發布時間: 2020 - 05 - 29
血管的狹窄或堵塞易引起缺血性組織壞死或病變,臨床表現為心肌梗死、糖尿病足等疾病。缺血性疾病的治療策略主要通過功能性血管網絡的再生來灌注缺血組織。近年來,基于干細胞療法的使用在缺血性疾病治療方法的開發中受到了廣泛關注。然而,一些關鍵問題限制了該方法在局部缺血治療中的應用,例如極低的細胞滯留率和植入細胞的整合,因此遞送干細胞治療的功效受到了相當的限制。在再生醫學中,發展仿生重建血管網絡的新方法仍然是一個挑戰。近日,南開大學黃興祿課題組和孔德領課題組合作在國際期刊Science Advances(IF=12.804)上發表最新論文,研究者創造性的通過誘導干細胞聚集成三維球體用于血管再生,蛋白質組學方法揭示了其作用機制:通過低氧誘導因子-1(HIF-1)信號通路調控促血管生成生物活性因子分泌。將SSP分泌因子整合到具有細胞膜衍生表面涂層的微/納米顆粒中,人工重構了3D干細胞(ASSP),在局部缺血和全身性缺血的動物模型中均表現出良好的血管重建效果,為缺血組織再生的治療選擇提供了新的希望。景杰生物為該研究的蛋白質組學提供了檢測和分析工作。1、誘導生成3D SSPs,更能夠促進促血管生成因子的分泌研究者首先采用一種簡便的方法(8-PEG-RGD)誘導促血管生成因子(CF)的脂肪組織骨髓間充質干細胞(aMSCs)聚集成三維球體(3D-SSPs)。分別比對2D培養和3D培養細胞條件下,發現在細胞數...
發布時間: 2020 - 05 - 29
錐蟲(Trypanosome)是一種具有廣泛宿主寄生性的單細胞人獸共患寄生原蟲,主要流行于亞非拉各大洲。在我國,錐蟲病以伊氏錐蟲引起的蘇拉病為主,可導致家畜日益消瘦甚至死亡,造成嚴重的經濟損失,是世界衛生組織致力要控制和消滅的重要人獸共患病。伊氏錐蟲被認為是布氏錐蟲的一個突變體,這兩種錐蟲在基因組上非常相似,形態和生活史卻截然不同,全面闡述蛋白質組和翻譯后修飾(PTMs)組的動態變化,有望為探尋錐蟲發育機制和防治策略提供潛在方向。2020年4月,沈陽農業大學陳啟軍教授課題組在Cell出版社新子刊iScience上發表題為Landscapes of Protein Posttranslational Modifications of African Trypanosoma Parasites的論文。研究者對兩種不同表型具有明顯進化差異的錐蟲(布氏錐蟲和伊氏錐蟲),進行了10種蛋白質翻譯后修飾組學的分析,共鑒定到約40000個修飾位點和150個組蛋白修飾位點,并系統的揭示了驅動錐蟲發育差異的分子機制。該研究是目前錐蟲蛋白質翻譯后修飾最為全面的研究,為研究具有明顯進化差異的真核生物提供了有價值的模型。景杰生物作為共同作者提供了蛋白質修飾組學檢測。一、布氏錐蟲和伊氏錐蟲的蛋白質組學差異研究者首先通過非標記定量蛋白質組學(質譜策略)的方法對布氏錐蟲和伊氏錐蟲的蛋白組進行分析,分別在布氏錐蟲和...
發布時間: 2020 - 05 - 29
鏈霉菌以生成具有多種化學結構和生物活性的天然產物而聞名。短鏈?;o酶A,如乙酰輔酶A、丙二酰輔酶A和琥珀酰輔酶A,是初級代謝的分解代謝產物,同時也是初級代謝過程中大分子生物合成和次級代謝過程中天然產物的共同前體。人們已經充分認識到,精確控制鏈霉菌的初級/次級代謝發展及其轉換對天然產物的正常生產至關重要。蛋白質翻譯后修飾(PTM)在代謝調控中扮演至關重要的角色,但PTMs如何在更廣的范圍內調節鏈霉菌的代謝尚未被闡明。2020年4月24日,浙江大學醫學院第一附屬醫院李永泉、毛旭明團隊在Nature旗下子刊Communications Biology上發表論文。文章以玫瑰孢鏈霉菌為模型,通過修飾蛋白組學揭示了巴豆?;揎椬鳛橐环N重要的翻譯后修飾,在鏈霉菌代謝調控中發揮重要作用。研究發現各種代謝途徑中的關鍵酶上存在廣泛的巴豆?;揎?,并進一步鑒定到鏈霉菌中巴豆?;揎椪{控酶、和關鍵修飾底物,以此深入揭示了巴豆?;揎椩阪溍咕x中的調控作用。景杰生物為本文的巴豆?;揎椊M學分析提供了技術支持。1、巴豆?;揎椩阪溍咕袕V泛存在鏈霉菌之前就發現存在乙?;揎?,但是其余的?;揎検欠駨V泛存在猶未可知。研究人員首先通過巴豆?;揎椃嚎贵w對發酵過程中的鏈霉菌做了免疫印跡實驗,發現鏈霉菌存在顯著的巴豆?;揎?。隨后,研究人員構建了ΔprcB/A突變菌株(蛋白酶體缺失突變,從而減少蛋白酶體介導的蛋白降...
發布時間: 2020 - 05 - 12
支鏈氨基酸(BCAA)是包括亮氨酸、異亮氨酸和纈氨酸在內的重要營養物質,是能量產生的重要來源。最近的研究表明,BCAA代謝功能障礙與心血管疾病發生密切相關。代謝綜合征(MS)和2型糖尿病(T2DM)常以肥胖、高脂血癥、高血糖和高血壓為特征,可增加心血管栓塞病的風險。血小板是動脈粥樣硬化血栓形成的主要參與者,是心血管疾病治療的重要靶細胞。許多研究表明,MS或T2DM患者的血小板通常處于高活性狀態。MS患者血漿BCAA水平升高是否與血小板活性升高和血栓形成有關尚不清楚。近日(2020年3月23日),上海交通大學基礎醫學院劉俊嶺團隊和孫海鵬團隊在著名學術期刊Circulation(IF=23.054)上發表論文。研究人員發現,BCAA代謝可顯著增加人血小板的活性,BCAA代謝缺陷顯著抑制血小板活化和動脈血栓形成,提示BCAA代謝對血栓形成至關重要。BCAA代謝促進TMOD3丙?;揎?,可能起著關鍵作用。此篇研究不僅揭示了BCAA的攝入增加了動脈血栓栓塞的風險,而且為針對BCAA代謝的抗血小板治療提供了一種新的策略。景杰生物為該研究的丙?;揎楄b定提供技術支持。研究人員首先發現BCAA的攝入增加血小板中Val, Leu 和 Ile的濃度,促進人血小板的聚集和脫顆粒。磷酸酶PP2Cm可對BCAA代謝調控的限速酶BCKD去磷酸化修飾而增強BCAA代謝。PP2Cm缺失會導致BCAA代謝缺陷,抑制...
發布時間: 2020 - 04 - 13
肝細胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC) 侵襲轉移能力強,手術切除后復發轉移率高,預后極其惡劣。然而肝細胞癌形成和發展的具體機制仍不清楚,缺乏有效治療方法。從分子水平研究肝細胞癌的發生機制,鑒別出新型的藥物靶點,有望幫助開發治療肝細胞癌的新型療法。近日,中南大學湘雅三醫院曹科研究員團隊在國際期刊Hepatology(IF=14.971)上發表題為SIRT1 regulates N6-methyladenosine RNA modification in hepatocarcinogenesis by inducing RANBP2-dependent FTO SUMOylation的論文,研究者發現去乙?;窼IRT1可促進肝細胞癌發生和發展,運用蛋白質組學和乙?;揎椊M學等多角度對SIRT1作用機制深入分析,發現SIRT1激活 SUMO-E3連接酶RANBP2,促進m6A去甲基化酶的SUMO化,進而增加抑癌基因GNAO1和其它肝細胞癌相關基因的m6A修飾,導致肝細胞癌的發生發展。該研究為開發SIRT1作為治療肝細胞癌的新靶點提供重要依據。景杰生物為該研究的蛋白質組學和乙?;揎椊M學提供了檢測和分析工作。研究者首先對已有的三個肝細胞癌數據庫中SIRT1表達量進行了分析,發現SIRT1在肝細胞癌中表達量明顯上調,并利用實驗在肝細胞癌組織進一步確證了該結果...
發布時間: 2020 - 04 - 13
糖尿病腎?。―N)是導致終晚期腎病的最主要因素,目前其治療主要依賴于對高血糖和高血壓的控制。但是臨床發現,糖尿病腎病在許多患者身上仍然繼續進展,這表明需要額外的方法來阻止其發展。過往研究發現,TGF-b1/Smad3信號通路在糖腎的疾病發展過程中發揮了重要作用,而Smad3缺乏可防止1型糖尿病腎病小鼠的蛋白尿和腎纖維化,并對高脂飲食誘導的肥胖、胰島素抵抗和糖尿病具有抵抗力。相比之下,Smad4在糖尿病或糖尿病腎病中的作用知之甚少。近日,廣東省人民醫院院長和華南理工大學醫學院院長余學清教授,與廣東醫科大學李錦華教授為共同通訊作者,在著名學術期刊EMBO Reports上發表了最新研究文章,證實Smad4在腎臟中的缺失可以有效阻止2型糖腎小鼠的足細胞損傷和腎小球硬化。足細胞中條件性Smad4缺失可以保護小鼠免于2型糖腎,并且此過程與肥胖無關。高血糖會誘導Smad4定位于足細胞中的線粒體,導致糖酵解和氧化磷酸化減少,并增加活性氧含量。這種結果一定程度上依賴于Smad4與PKM2直接互作,以及對具有活性的四聚體形式PKM2的減少。此外,Smad4與ATPIF1相互作用導致了ATPIF1降解減少。景杰生物為該研究的蛋白質組學定量提供了技術支持。為了明確Smad4在正常和糖腎足細胞中的表達量是否有差異,研究者分別檢測了人和小鼠足細胞在病理和生理情況下Smad4的表達。發現Smad4在糖腎足細胞...
發布時間: 2020 - 04 - 13
衰老(Aging)是認知能力下降的重要原因,同時也是阿爾茨海默癥(AD)的一個主要危險因素。四跨膜蛋白是突觸功能和記憶的重要調節劑,它是一類具有四個跨膜結構域的蛋白質家族,其中四跨膜糖蛋白CD82是廣譜的腫瘤轉移抑制因子,能夠調控膜分子的信號傳導,抑制多種腫瘤的進展和轉移,科學家猜測它同樣參與突觸功能和記憶的調控,然而CD82在神經系統和AD中的作用和功能尚不清楚。近日,華中科技大學同濟醫學院趙寅團隊以及合作者在生物醫學領域專業期刊GeroScience(IF=6.444)上發文,研究人員運用高深度磷酸化修飾組學分析,報道了CD82-TRPM7-Numb信號傳遞介導了衰老相關的認知功能。過表達CD82會提高TRPM7 α-kinase活性,從而誘導Numb T346、S348這兩個位點磷酸化,進而促進β-淀粉樣蛋白肽(Aβ)分泌,最終導致認知能力下降并誘發阿爾茲海默癥的發生。景杰生物為該研究的高深度磷酸化修飾組學分析提供了技術支持?;谇捌谘芯?,研究人員猜測CD82同樣參與突觸功能和記憶的調控。為評估CD82在人類AD中的潛在病理生理作用,研究人員首先檢測了CD82在AD患者及中年模型小鼠大腦中的蛋白水平,結合免疫組化,熒光染色和WB的方法證實,CD82在AD患者和中年模型小鼠大腦中表達升高。在3月月齡年輕成年小鼠的雙側海馬內注射CD82,隨后在Morris水迷宮(MWM)中評估小...
發布時間: 2020 - 04 - 13
近年來,蛋白質翻譯后修飾的研究走上了快車道,各類突破性成果不斷涌現。而在這個車道上,巴豆?;揎椏芍^是一匹“黑馬”。2011年,芝加哥大學趙英明教授課題組在Cell雜志上首次報道了巴豆?;揎椀陌l現。由于其重要意義,該項工作更是被評為Cell的“年度五大突破性進展”之一[1]。隨后的研究中,其在生殖發育、腫瘤發生、轉錄調控、抗逆脅迫等各方面的作用被相繼揭示出來。國內的科學家在這一領域也是頗有建樹,例如在2017年,北大醫學部的尚永豐院士和梁靜研究員同景杰生物合作,在Molecular Cell上報道了染色質結合蛋白CDYL具有巴豆?;厦傅幕钚?。由于其可結合在染色質上,導致局部的巴豆酰輔酶A濃度降低,進而降低結合區域附近的組蛋白巴豆?;揎?,最終調節精子的發生過程[2]。然而過去的研究往往聚焦在組蛋白上的巴豆?;揎?,而非組蛋白上的巴豆?;揎?,盡管也有一些描述性的報道[3-4],但仍然缺乏廣泛的分析和功能機制上的深入研究。2020年3月13日,北大醫學部梁靜研究員和景杰生物CEO程仲毅博士合作在國際著名期刊Science Advances發表題為Global crotonylome reveals CDYL-regulated RPA1 crotonylation in homologous recombination-mediated DNA repair的文章,揭示了迄今為...
發布時間: 2020 - 03 - 16
為了確保高效的生長和生存,細胞必須感知到多樣化的營養環境,并相應地迅速調整它們的代謝狀態。實現這一目標的方式之一是使基因表達與代謝環境同步。組蛋白修飾為此提供了一種理想的機制,因為組蛋白修飾的變化是快速可逆的,并且依賴于代謝中間產物作為修飾的輔助因子。了解代謝環境、染色質和基因表達之間的關系,揭示代謝穩態的一般原則具有非常重要的意義。近年來,質譜技術的發展促使發現了一些新的組蛋白修飾,其中相當一部分是發生于賴氨酸上的短鏈?;磻ɡ绨投辊;?、琥珀?;?、2-羥基異丁?;?、苯甲?;腿樗峄龋?,極大地擴展了組蛋白密碼的潛在復雜性。巴豆?;?011年由趙英明教授發現的一種新型?;揎?,該修飾在低等生物(如酵母)和高等生物(如靈長類)中均廣泛存在,暗示巴豆?;饔帽J厍抑匾?。有研究表明在高等動植物中其與活躍的染色質區域相關,能夠促進基因的轉錄。圖1、脂肪酸β氧化過程產生?;o酶A(紫色字體為巴豆酰輔酶A)近日,國際著名期刊Molecular Cell刊登了由斯坦福大學Ashby Morrison教授團隊以及北卡羅萊納大學Brian D. Strahl教授團隊合作完成的一項研究,揭示了組蛋白巴豆?;揎椩诖x狀態和基因轉錄之間的重要調控作用。該研究以高度同步的酵母代謝周期(yeast metabolic cycle,YMC)為研究基礎,發現脂肪酸β氧化基因的周期性表達與β氧化的副產物—...
發布時間: 2020 - 02 - 28
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